Ao terminar de instalar o project64, você o abrirá e verá uma tela branca. Vá em "Arquivo/ Abrir a Rom":
Selecione o arquivo do Jogo que você quer jogar, ele está em formato z64 ou v64, é encontrado na pasta onde você o colocou depois de descompactá-lo.

Recomendo também:
-Ir ao arquivo do jogo.
-clicar com o botão direito do mouse
-selecionar "abrir com"
-Escolha o programa Project64, se não encontrar na lista vá em procurar.
-Marque a caixa para abrir sempre com este programa

Assim toda vez que seu computador receber um arquivo z64 ou v64, é só dar dois cliques e abrirá automaticamente.